股權激勵是個復雜的系統工程，眾多因素影響激勵計劃能否順利實施及其效果，如行業特點、企業治理結構、法律法規、財務問題、企業管理制度體系等都是影響因素。無論是上市企業還是非上市企業，在實施股權激勵中都會碰到各種難點與問題。

缺少法律層面的保障

無論是《公司法》還是《證證券法》，對于股權激勵都沒有明確的法律規定和保障。在《公司法》中，只是提到了高管人員的報酬事項，并且董事、監事的報事項由公司股東大會決定，而經理、副經理及財務負責人的報酬事項由公司董事會即可決定。這與股權激勵的審批程序并非完全一致。

證券市場不成熟

由于種種原因，我國證券市場的有效性一直較低，其中一個重要的表現就是股票價格不能完全反映股票本身的價值，經常出現股價與業績非對稱的現象。在這種股價與業績不對稱的市場環境下實行股權激勵計劃，很有可能出現績優股上市公司的股票不能獲利，或者獲利很小，而經營不善的虧損公司管理者手中的股權卻有可能在行權時獲得豐厚收益，從而導致股權的反向激勵效應

期權或獲授股票的流動性問題

經營者任期屆滿，或因經營不善被辭退，或因調離、退休等原因離開企業，那么經營者在企業的股份如何兌現，是由繼任者購買，還是由離去的經營者繼續持股享受分紅?即使由后繼的經營者購買，能否按原價購買，退出的期股價格如何評估，等等，都應有原則性的規定。

缺少財務、稅收等相應的配套制度

激勵對象持股所獲紅利及增值收益等是否能享受稅收方面的優惠?個人所得稅如何繳納，是作一次性收入繳納，還還是按月攤薄繳納，這也是必須解決的問題。又比如，上市公司對于股權激勵如何進行財務上的處理，也需要財政部、證監會等相關部門協調，制訂相應的會計處理準則。

公司治理結構不完善

作為一種長效性激勵制度，股權激勵計劃必須在完善的公司治理下才能發揮重要作用。而目前我國公司治理問題仍很突出，不利于股權激勵制度的推行。這主要表現在以下方面：

(1)兩職合一現象比較嚴重，公司的經營管理者同時又是董事會的主要領導，這就為管理者替自己獲取不合理的股權比例提供了制度上的便利；

(2)缺乏獨立的薪委員會，外部董事比例明顯較低，這使得薪酬委員會缺乏獨立性和公正性，從而影響響股權激勵計劃的實施與發展；

(3)監事會受內部人控制的情況居多，其檢查督察功能較弱。

經營業績如何評價

諾貝爾經濟學獎得主加里·貝克爾曾經說過：“只有當期權能夠獎優罰劣時，它才是一種有價值的商業工具。”在《 股權激勵管理辦法》中規定了對于董事、監事、高級管理人員應當以績效考核指標為實施股權激勵計劃的條件。因此，上市公司績效考核體系和考核辦法應當如何建立立，具體又怎樣計算，怎樣與期權激勵掛鉤，有待進一步完善。